En vertu du Code des professions du Québec, l’Ordre des hygiénistes dentaires du Québec est administré par un Conseil d'administration. Le Conseil d'administration est chargé de l’administration générale des affaires de l’Ordre et de veiller à l’application des dispositions du Code des professions, de la loi et des règlements adoptés conformément au Code des professions.
Le Conseil d'administration est formé de dix-sept (17) administrateurs : treize (13) sont des hygiénistes dentaires élus par les membres de leurs régions respectives et les quatre (4) autres sont des personnes nommées par l’Office des professions du Québec, dont au moins un (1) est membre d’un ordre professionnel. Les administrateurs nommés exercent les mêmes fonctions et sont soumis aux mêmes obligations que les administrateurs élus. Le mandat régulier d’un administrateur est de trois (3) ans.
Par ailleurs, au cours d’une année financière, le Conseil d'administration tient habituellement cinq (5) réunions ordinaires et des réunions extraordinaires au besoin.